虚拟筛选

虚拟筛选（virtual screening），即利用化学信息学建立药物活性与化合物结构的关系，并从待筛选库中筛选潜在活性小分子的方法，是目前广泛应用的药物计算方法。通常的筛选方法有类药性筛选、相似性筛选ADMET筛选、基于分子对接的虚拟筛选和药效团筛选等等。

筛选规则

在药物的虚拟筛选中，常常需要考虑类药性等基本筛选条件，如Lipinski规则。相似性筛选根据化合物各基团的相似性进行筛选，如，芳香环、卤素、亲/疏水性等。根据已知活性的阳性分子筛选化合物库中具有高相似性的化合物。常常用作初步筛选。

基于分子对接的虚拟筛选

在药物靶标已知的前提下，可以利用分子对接筛选与药物靶标具有高亲和力的分子。药物分子与药物靶标具有高亲和力是药物结合受体，发挥药效的重要前提。基于分子对接的虚拟筛选常作为核心筛选方法。